KLASIFIKASI DNA MENGGUNAKAN FITUR N-MERS DENGAN INTEGRASI SELEKSI DATA DAN ELM (IDELM) SEBAGAI CLASSIFIER

Authors

  • Umi Mahdiyah Universitas Nusantara PGRI Kediri

DOI:

https://doi.org/10.30736/jti.v4i2.317

Abstract

DNA merupakan unsur yang sangat penting dan mendasar pada setiap organisme. Sekuensing DNA dapat dimanfaatkan untuk menentukan identitas suatu organisme dengan cara membandingkan urutan DNA nya dengan DNA lain yang sudah diketahui. Integrasi Seleksi data dan Extreme Learning Machine (IDELM) ini dipilih karena data DNA merupakan data yang besar serta karakteristik datanya yang kebanyakan adalah data yang imbalance. Pada proses penelitian data yang akan diolah terlebih dahulu diuraikan fragmennya dengan simulator MetaSim, selanjutnya dilakukan ekstraksi fitur dengan menggunakan n-mers, kemudian dilakukan proses klasifikasi dengan IDELM. Hasil dari pengklasifikasian tersebut memiliki performa yang baik, karena dengan ekstraksi fitur 3-mers maupun 4-mers performanya di atas 80%.

Downloads

Download data is not yet available.

References

Haryanto, T, Bagus Guritno, H, Kustiyo, A dan Hermadi, I. 2018. Optimasi Parameter pada Fast Correlation Based Fiter Menggunakan Algoritme Genetika untuk Klasifikasi Metagenom. Vol 4. Jurnal Edukasi dan Penelitian Informatika (JEPIN).

Huang, G. et al., 2015. Trends in extreme learning machines: A review. Neural Networks, 61:32-48.

Huang, G., Zhu, Q. dan Siew, C., (2006a), “Extreme Learning Machine: Theory and Applicationsâ€, Neurocomputing, Vol. 70, 489–501

Mahdiyah, Umi, Imah, E. M., Irawan, M. I.. 2017. Integrating Data Selection And Extreme Learning Machine To Predict Protein-Ligand Binding Site, Contemporary Enggineering Science, vol. 9.

Rapley, R & Whitehouse, D. 2015. Molecular Biology & Biotechnology. 6th edn. London: The Royal Society of Chemistry.

Richter, DC, Ott, F, Auch, AF, Schmid, R, dan Huson, DH. 2008. MetaSim—A Sequencing Simulator for Genomics and Metagenomics. PLoS ONE 3(10): e3373.

Saefudin. 2007. Genetika. Bandung (ID): Universitas Pendidikan Indonesia.

Sokolova, M. dan Lapalme, G.. 2009. A systematic analysis of performance measures for classification tasks. Inf. Process. Manag., vol. 45, no. 4, hal. 427–437.

PlumX Metrics

Published

2019-09-30

How to Cite

Mahdiyah, U. (2019). KLASIFIKASI DNA MENGGUNAKAN FITUR N-MERS DENGAN INTEGRASI SELEKSI DATA DAN ELM (IDELM) SEBAGAI CLASSIFIER. Joutica, 4(2), 268–271. https://doi.org/10.30736/jti.v4i2.317

Issue

Section

Jouticla Jurnal Teknik Informatika